A empresa na área de I&D tem cooperado com outras entidades, tais como a Universidade de Aveiro, a Universidade de Trás-os-Montes (UTAD) participando num trabalho de Investigação relacionado com os efluentes da ETAR, e com a Escola Superior Agrária de Viseu (ESAV) visando a valorização comercial dos sub-produtos resultantes do processamento das maçãs, e com outras entidades. Por outro lado, com a ACEMBEX, a INDUMAPE participou em diversos ensaios á escala real em desenvolvimentos de sinergias com outras indústrias, visando a secagem e consequente valorização dos sub-produtos de maçã e de pera. De salientar que como resultado deste desenvolvimento, a INDUMAPE foi homologada em 2011 como produtor de subprodutos aptos para alimentação animal pela Direcção Geral de Veterinária.
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