Le pôle R&D de l'entreprise coopère avec d'autres entités comme l'Université de Aveiro ou l'Université de Tras-os-Montes (UTAD) en participant à un travail de recherches en relation avec les effluents de l'ETAR (Estação de Tratamento de Aguas Residuais: Station de Traitement des Eaux Résiduelles), et avec l'Ecole Supérieure d'Agriculture de Viseu (ESAV) en travaillant sur la valorisation commerciale des sous-produits issus du processus de transformation de pommes. D'autre part, avec l'ACEMBEX, Indumape a participé au développement de synergies avec d'autres industries concernant le processus de séchage et donc par conséquent à la valorisation des sous-produits de la pomme et de la poire, et ce à échelle réelle. Pour insister sur le fait que les résultats de ces travaux furent fructeux, en 2011 les sous-produits d'Indumape furent désignés aptes à être desservis à l'alimentation animale par la Direction Générale Vétérinaire.
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